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1: 田杉山脈 ★ 2020/07/06(月) 21:50:34.92 ID:CAP_USER
理化学研究所(理研)は、スーパーコンピュータ「富岳」を活用し、新型コロナウイルス感染症の治療薬の候補となりうる数十種類の物質を発見したと発表した。7月3日、オンラインで開催した「新型コロナウイルスの治療薬候補同定」の中間報告のなかで、理化学研究所 科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログム副プログラムディレクターであり、京都大学大学院医学研究科教授の奥野恭史氏が明らかにした。

 奥野教授は、「1つの標的タンパク質に対するすべての薬剤での評価が終了し、興味深い結果が出た。残り3つの標的タンパク質においても同様の評価をしたい」とする一方、「数千規模の化合物とタンパク質の作用(結合)過程を、分子動力学計算レベルで計算した事例は世界でもはじめてであり、学術的にインパクトがある」と発言。

 さらに、「今回の結合シミュレーションには約10日間を要したが、ソフトウェアのチューニングが富岳用にできていないかたちで実施したものである。チューニングができれば、将来的には2日程度で計算が完了すると考えている。1週間あれば、1万以上の薬剤が評価できるようになり、創薬の世界を大きく変えることができる」と述べた。


以下ソース
https://pc.watch.impress.co.jp/docs/news/1263445.html
6: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:00:31.25 ID:nFc+VITg
今は分子動力学計算でそんなことまで解るようになったんだな


9: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:04:54.71 ID:jORb0OlU
分子動力学計算はgrapeの方が計算速いはずだけど、ARMベースのほうがプログラム構築が汎用的で使いやすいのかな。

55: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:42:37.41 ID:KqiHOmUJ
>>9
grapeは専用命令を追加したプロセッサだったような。ただ並列度はわからん。
以前にEDAベンダーのセミナーで発表があった。いわゆる「当社のツールを使ってプロセッサを開発しました」っていう内容で。
もっとも、スパコンとなると並列度が全然違うからな。

25: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:11:34.21 ID:bS9f5ADD
富岳って対コロナ用に前倒しで実戦配備されたんだよな
ガンダムみたいだな ガンガレ!

32: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:15:01.64 ID:5WqN0ntI
>>25
富岳「待たせたな」

106: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 00:14:18.05 ID:avQJvaRw
>>32
かっこいい

33: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:16:30.13 ID:bS9f5ADD
>>32
京が1年掛かる計算を数日でできるらしいからな
21年始動を1年近く前倒ししたとか浪漫すぎる

40: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:25:01.23 ID:deOhSO6b
別に富岳じゃないとできないわけじゃないんじゃないの?

87: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 23:20:25.94 ID:MR51hR02
>>40
別に富岳でなくてもできる
上場企業がすでに同じことしてるし
ただ処理能力高いから他よりもはやくできる

48: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 22:32:31.28 ID:N8Jd+OdJ
富岳チューニングするための丁度良いデータ取りになるからこいつじゃないと意味ないだろうし
ガンガン使って使い勝手上げてほしいものだね

78: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 23:11:24.90 ID:A2091wxe
富岳スゴイ

141: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 02:37:51.01 ID:vpp82MoE
治験にはカネも時間もかかるのに、2000種類とかバカかとw

ズバリの物を出してこなかったら意味がない
せいぜい10種類にまで厳選する能力がなければな
(スパコンが2000種類の治験をやれと人間に要求するのかよw何様w)

ハッキリ言って、スパコンで「ヘタな鉄砲数うちゃ当たるかも?」レベルじゃ
お話にならない カネの無駄
スパコンで治験しろよwと言いたくなるわ

143: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 02:41:21.35 ID:o6IdrFuc
>>141
2000種類に絞ったんじゃなくて、2000種類の中から数十種類に絞ったんだよ

90: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 23:26:15.23 ID:NZV2j8Pk
 今日本にある承認済みの薬剤を、標的のタンパク化合物にどう作用するかのシミュレーションできるソフトが、とっくの昔に完成していたのが驚き。

92: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 23:30:51.95 ID:8O+5xJVB
よくわからんけど
シミュレーションソフト作る人もすごくない?

96: 名刺は切らしておりまして 2020/07/06(月) 23:42:49.38 ID:TdVMFCAM
暫くはコロナ薬開発専用機として使った方が世の中の為になるだろうからそれで行って欲しいな。

103: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 00:01:39.12 ID:tC0tUrTB
すごいね、どんな処理してるんだろ

104: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 00:06:50.38 ID:C4QqHp/G
2000は既知の組成解析済みで、そういう薬のデータベースに登録されているものですよね。

その2000の薬に対して、物理的に、原子的に新型コロナとくっつきやすいものを、分子動力学計算を使って、数個選び出したと言っているのかと。

118: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 00:42:22.46 ID:GqbKvHfN
なんでもええわ
はよ使え

119: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 00:48:19.52 ID:8Tf6w3ot
2種類じゃダメなんですか

122: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 01:00:57.99 ID:B+uwGM2f
>>119
多剤併用は複雑化しますんでw
種類が少ないに越したことはないですw

124: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 01:04:59.75 ID:GCmgVLVL
これが1位の実力
2位だと3倍の日数を要する

128: 名刺は切らしておりまして 2020/07/07(火) 01:11:35.03 ID:LgP821pn
すんごいな!
活躍してくださーい!!